결론부터 말씀드리자면,
고등학교 자퇴 후 검정고시로 고등학교 졸업을 해도
부사관 지원에는 아무런 문제도, 불이익도 없습니다.

실제로 한국부사관장교학원 재학생들 중 검정고시 출신들도 종종 오는데
육군, 해군, 공군, 해병대, 특전부사관까지 모두 합격해서 갔습니다.

검정고시로 인한 불이익이 있다면 차라리 지원자격에 검정고시 합격자는 지원 불가, 라고 명시해두겠죠.
전혀 걱정하실 필요 없으며,
추후 면접에서 왜 검정고시로 졸업했는가? 에 대한 질문은 받게 될 겁니다.